遠東航空創立初期服務范廣泛，除經營客運、貨運包機服務外，承攬通用航空業務外，還接受委托維護飛機業務，并在1970年代成為經營臺灣島內航線的龍頭企業。 1986年遠東航空公司創辦人胡侗清辭世，由于未預立遺囑，因此造成家族股權糾紛，對經營管理產生巨大沖擊，在當時正值世界石油危機，再加上當時『開放天空政策』增加多家航空公司加劇市場競爭，使得遠東航空市場占率大幅下滑。后公司市場占有率逐漸回升到50%左右。 [2] 1993年遠東航空獲準經營國際包機業務。 1995年中華開發信托（中華開發工業銀行）及南山人壽保險集團取得遠東航空53%的股權。 1995年開辟至菲律賓的首條國際航線。 1998年成立遠東航空集團。 2008年2月13日國際航協發出通知，因一筆84.8萬美元的帳款未結清，會員資格被剔除。 2008年5月12日傍晚，遠航發布股市重大訊息，因資金問題，自2008年5月13日起暫時停止營業，公司經營瀕臨倒閉危機。 2008年5月26日，臺北地方法院駁回遠航聲請的公司重整案。 2008年6月3日，由于未如期完成要求的改善事項，民航局報請交通部收回遠航所有的國內航權 ；2008年6月17日，民航局暫時收回遠航的國際航權，最終不堪重負而結業。 遠航暫停營業后，金門縣縣營企業金門酒廠實業在董事長雷倩的主導下，曾計劃投入新臺幣22億元買下遠航40%股權以取得經營權，但遭金門縣議會否決而作罷。以旅游為事業核心的六福開發也有意接手遠航，但只愿部分承接，不打算概括承受遠航的巨額負債。遠航如順利進行重整，將有可能轉型為廉價航空公司，或另以新公司承接遠航原有的員工及設備。 由于遠航發生財務危機，因此導致遠航無法參與經營2008年7月4日開始的兩岸定期包機。 2010年11月27日上午10時，遠東航空飛機注冊編號為B-28025的麥道MD-83飛機從松山機場起飛，12時20分降落，成功完成特種試航。交通部民航局將于29日發放試航證給遠航，但遠航若要復航國內航線，至少還要再完成1架航機試航，并繳納新臺幣5千萬營運保證金。 2011年4月18日，遠東航空公司飛機從臺北松山機場飛抵金門尚義機場，這標志著因財務問題停飛的遠東航空開始復航。